Identification microorganismes
Pour piloter efficacement les risques microbiologiques, il est souvent nécessaire de déterminer le genre et l’espèce d’un isolat (identification), puis de déterminer la source ou la voie de contamination par une caractérisation supplémentaire (typage). La spectrométrie de masse MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption Ionization - Time of Flight) et le séquençage nouvelle génération (New Generation Sequencing, NGS) sont des techniques d’analyse innovantes qui apportent une aide précieuse dans les démarches d’investigation sur l’origine d’une contamination microbienne. Les outils suivants, mis à disposition par les équipes d’Eurofins, peuvent être utilisés :
- Identification rapide de bactéries et de levures isolées,
- Identification des espèces présentes dans une flore microbienne complexe,
- Typage express de Listeria monocytogenes,
- Recherche de liens de parenté entre plusieurs isolats.
Solution d’identification de souche isolée
Qu’elles soient bio-préservatrices, altérantes ou supposées pathogènes, toutes les colonies isolées sur une gélose peuvent être analysées par MALDI-TOF, puis comparées à une très large base de données couvrant près de 600 genres et 3 000 espèces.
Non-ciblée, fiable, rapide et informative, cette méthode permet aussi bien de vérifier la présence d’un pathogène sur une gélose spécifique que d’identifier un morphotype (aspect de la colonie) singulier sur une gélose nutritive.
En ayant l’information sur le genre de la souche, et très souvent à l’espèce, vous serez en mesure de prendre rapidement les bonnes décisions au sein de vos unités de production, comme par exemple d’effectuer un nettoyage ou une désinfection avec un produit efficace contre le microorganisme identifié et au bon endroit.
Solution d’identification de flores complexes
Les nouvelles plateformes de séquençage d’ADN offrent des solutions pour identifier l’ensemble des bactéries ou des levures composant la flore majoritaire d’une matrice alimentaire (microbiote) en une seule analyse et sans aucune étape de culture pasteurienne. En plus de son identification, l’abondance relative de chaque micro-organisme est indiquée, ouvrant la voie à l’étude des dynamiques de population.
L’application la plus directe est l’investigation des altérations organoleptiques d’une matrice alimentaire : en comparant la flore bactérienne globale d’un lot conforme à celle d’un lot de non-conforme, il devient possible de comprendre les déséquilibres microbiens à l’origine d’un gonflement, d’un dégagement d’odeur, d’une coloration ou encore d’une liquéfaction.
Cette approche peut également s’appliquer à d’autres types d’échantillons, notamment les prélèvements d’environnement, les bouillons de culture et même les tapis bactériens sur gélose.
Elle peut aussi être utile pour identifier certains micro-organismes non-cultivables, ou si l’on cherche à observer une dynamique de population dans son écosystème, car la culture cellulaire introduirait un biais dans l’observation.
Solution de typage express de Listeria monocytogenes
La contamination par Listeria monocytogenes d’un environnement de production, d’une matière première, d’un produit intermédiaire ou d’un produit fini nécessite des actions curatives rapides. Pour pouvoir agir à bon escient, rien n’est plus efficace que de déterminer les flux de contaminations.
Les différentes espèces de Listeria monocytogenes peuvent être classées en sous-groupes (types) sur la base d’une analyse par MALDI-TOF. Le typage par MALDI-TOF est ainsi l’outil idéal pour comprendre une contamination ponctuelle multi-site ou une contamination disséminée depuis les matières premières aux produits finis au sein d’un site de production. La rapidité et l’accessibilité du service permettent surtout de systématiser une surveillance globale avec la possibilité, sur le long terme, d’optimiser efficacement les plans de contrôle.
Solution de typage par séquençage entier du génome (WGS)
Approche ultime pour établir des liens de parenté entre plusieurs souches, le séquençage entier du génome (Whole Genome Sequencing) est disponible en routine au sein du réseau Eurofins. La méthode consiste à lire et à analyser l’ensemble de l’information génétique (environ cinq millions de nucléotides) spécifique à plusieurs isolats. L’information est absolue, univoque et indépendante de la plateforme de séquençage. Les séquences sont alors comparées les unes entre les autres pour établir des liens de parenté ou confirmer que deux mêmes isolats correspondent à la même souche.
Un webinar, qui aura lieu le 5 novembre, vous donnera plus de précisions sur ces différents outils d’identification et de typage de micro-organismes et sur la manière dont Eurofins peut vous accompagner. Le lien d’inscription sera prochainement mise à disposition sur notre site web, rubrique ‘Actualités’.
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou AgroalimentaireFR@eurofins.com
