Notre nouvelle solution d’investigation microbiologique par NGS fait ses preuves : des applications multiples et insoupçonnées
Le nouvel outil d’investigation de la flore microbiologique par séquençage NGS a été développé par les équipes R&D d’Eurofins Laboratoires de Microbiologie Ouest. Elles se sont appuyées sur les dernières connaissances et les dernières technologies pour mettre au point cette méthode de détection et d'identification de toutes les espèces bactériennes composant la flore majoritaire d’un échantillon. Pour apporter les réponses les plus pertinentes possibles, un soin particulier a été apporté à l’adaptation au secteur agroalimentaire de cet outil déjà utilisé en recherche médicale.
Disponible auprès des acteurs de l’agro-alimentaire depuis six mois, cet outil a rencontré un vif intérêt. Il a déjà montré ses preuves dans la résolution de problématiques d’altération difficiles. Retour sur trois cas emblématiques qui illustrent le type de problématique qui peut être investigué, la nature des résultats attendus et comment ces informations ont permis de résoudre le problème initial.
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Les cas évoqués ci-dessous seront illustrés et commentés par Romain CHAUVET, responsable R&D d’Eurofins Microbiologie des Aliments, lors d’un webinar de 30 minutes jeudi 21 octobre 2021 à 11h. Le nombre de places étant limité, n’hésitez pas à vous inscrire dès à présent auprès d’EventsFR@eurofins.com |
Clean label : explication et résolution d’une altération organoleptique
Dans le cadre d’une démarche de clean label sur du jambon, dont l’objectif est de réduire le sel nitrité dans l’élaboration du produit, un industriel a observé de manière récurrente des taches jaunes gluantes sur la surface du produit de certains lots, entrainant rapidement la non-conformité de la production. Les méthodes culturales classiques ne permettaient pas de mettre en évidence ni d’identifier une espèce bactérienne susceptible de provoquer ce défaut organoleptique. Une analyse NGS Flore bactérienne a été réalisée sur le produit conforme et le produit non conforme. La comparaison des résultats a mis en évidence une surreprésentation de l’espèce Leuconostoc gelidium dans le produit non-conforme. Après recherche dans la littérature, le lien entre l’altération observée (production d’un biofilm) et le microorganisme identifié a été confirmé.
L’identification de la cause de l’altération a permis de mettre en place un plan de nettoyage adapté des installations. De plus, la connaissance des conditions optimales de croissance de cette souche a permis de mettre en place, dans un second temps, des méthodes d’analyse spécifiques pour un plan de contrôle efficace et adapté.
Ecouvillonnage d’un équipement de ligne de production
Des biofilms étaient observés régulièrement par un industriel agro-alimentaire dans certains tuyaux de ses équipements, sans qu’il en connaisse la cause. Il souhaitait estimer le risque pour sa production et les moyens pour contrôler la formation de ces biofilms. Un écouvillonnage des équipements a été réalisé et directement analysé par la technique de NGS flore bactérienne. Les résultats ont indiqué la présence de plusieurs espèces de Pseudomonas et de Janthinobacterium, des bactéries connues pour être pionnières dans la formation de biofilms dans les réseaux d’eau sanitaire. La connaissance des espèces concernées a permis d’identifier les produits efficaces contre les molécules composant la matrice de biofilm formé par Pseudomonas et de Janthinobacterium.
Compréhension de résultats microbiologiques anormaux sur gélose
Dans le cadre de son plan de contrôle, un industriel agroalimentaire a fait réaliser des analyses de flore aérobie mésophile sur ses produits. Les résultats de dénombrement étaient très supérieurs aux critères d’acceptabilité. Pour comprendre les causes de cet accident, il souhaitait identifier l’espèce bactérienne à l’origine du développement de cette flore. Problème : au moins trois morphotypes de colonies bactériennes sont observés sur les géloses, ce qui empêche de conclure rapidement sur l’identité de la bactérie en cause.
L’approche habituelle d’investigation aurait été de sélectionner visuellement 4 à 5 colonies sur la gélose, de les purifier par une ou deux cultures successives, puis de les identifier avec une méthode traditionnelle, c’est-à-dire avec observation microscopique et tests biochimique, ou par MALDI-TOF. Ce processus peut prendre une dizaine de jours.
A la place, toutes les colonies de la gélose ont été recueillies et identifiées simultanément par le NGS Flore. Ainsi, ces résultats exhaustifs et sans biais d’échantillonnage, ont permis d’identifier cinq espèces d’entérobactéries, autrement dit une flore majoritaire relativement riche et diversifiée. Ils laissent supposer un problème d’hygiène globale, que l’industriel a ensuite creusé sur son site.
Une innovation clef en main désormais appliquée en routine
La force de l’analyse microbiologique NGS est de s’affranchir des étapes d’enrichissement, d’isolation et de purification, et de pouvoir s’appliquer tant sur un échantillon d’aliment « brut » que sur de la flore de numération cultivée sur gélose. C’est désormais aussi une analyse réalisée « en routine » dans notre laboratoire avec des protocoles spécifiques optimisés permettant de traiter des échantillons très divers.
Enfin, cet outil NGS Flore bactérienne est mis en œuvre avec l’accompagnement de nos experts pour vous guider sur la meilleure stratégie expérimentale, le juste plan d’échantillonnage ainsi que la manipulation optimale des échantillons. Notre objectif commun : tirer profit au maximum de cette méthode pour vous aider à toujours mieux maitriser la sécurité microbiologique de vos installations et de vos produits.
N’hésitez pas à consulter notre documentation dédiée.
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou AgroalimentaireFR@eurofins.com.
