Salmonelle : un risque toujours présent, des méthodes performantes et adaptées aux différents besoins
Salmonella est une bactérie susceptible de provoquer une maladie appelée salmonellose. Il s'agit d'une zoonose, ce qui signifie qu'elle peut se transmettre directement ou indirectement entre les animaux et les humains. La salmonellose est la 2ème zoonose la plus répandue dans l'UE, après la campylobactériose.
Une cause fréquente de foyers épidémiques de maladies d'origine alimentaire
En France, Salmonella est le premier agent pathogène confirmé dans les foyers de toxi-infections alimentaires collectives (TIAC), avec 139 TIAC en 2019 (36% des TIAC à agent confirmé sur cette année). Les souches concernées de Salmonelle sont à 25 % S. Enteritidis, 32 % S. Typhimurium et 2 % les variants monophasiques de Typhimurium. Les TIAC confirmées à Salmonella ont été responsables de 807 malades et de 161 hospitalisations [1]. A l’échelle européenne, plus de 90 000 cas de salmonellose sont signalés chaque année [2].
Salmonella est l’agent pathogène le plus fréquemment signalé dans les aliments au sein de l’Union Européenne : selon le rapport 2020 du Rapid Alert System for Food and Feed (RASFF), 537 notifications ont été diffusées en 2020, en hausse de 45% par rapport à l’année précédente [3].
La salmonellose se manifeste initialement par une gastro-entérite, sauf pour les Salmonella Typhi ou Paratyphi qui entrainent des fièvres entériques. Chez les nourrissons ainsi que chez les personnes au système immunitaire affaibli, elle peut devenir très grave, voire mortelle.
Ovoproduits, produits laitiers et viandes peu cuites principalement concernés
La bactérie Salmonella est fréquemment présente dans les intestins d’oiseaux et de mammifères sains. Le risque d’infection pour l’homme est associé à la consommation d’aliments contaminés. Les produits les plus fréquemment impliqués sont les œufs et les produits à base d’œufs crus ou ayant subi un traitement thermique insuffisant, les produits laitiers (lait cru ou faiblement thermisé ou recontaminé lors de la production de lait en poudre), ainsi que les viandes peu cuites (bovins, porcs et volailles) [2].
La salmonelle peut aussi contaminer d’autres produits mal conservés. A titre d’exemple, une des explications à la crise actuelle de contamination à l’oxyde d’éthylène serait des traitements par fumigation avec ce gaz pour protéger contre le développement de salmonelle les matières premières comme le sésame durant leur stockage et leur transport maritime [4].
Aliments pour animaux : un risque réel de contamination
Enfin, les aliments pour animaux sont aussi concernés par ce risque. En effet, en 2020, 102 notifications ayant pour cause la présence de Salmonelle ont été rapportées dans le système RASFF sur différents types d’aliments pour animaux d’élevage, mais aussi de compagnie.
Un produit contaminé peut être nocif pour les animaux de compagnie (par ingestion) mais aussi pour leurs propriétaires par contamination croisée. A titre d’exemple, les produits à mâcher pour chiens (13 notifications) représentent un risque grave pour la santé, pas tant pour les chiens eux-mêmes que pour les enfants, qui peuvent être contaminés par un os à mâcher qui traîne dans la maison [3].
Une réglementation au niveau européen
Les salmonelles sont des bactéries pathogènes associées à des critères de sécurité ou d’hygiène des procédés dans les denrées alimentaires destinées à la consommation humaine selon le Règlement (CE) 2073/2005. En France, plusieurs interprofessions, comme la FCD (Fédération du Commerce et de la Distribution), le SNR (Syndicat national de la Restauration) ou encore le SYNAFAP (Syndicat des fabricants de produits traiteurs frais) ont introduit des critères supplémentaires d’application volontaire sur des produits non listées dans le règlement européen.
Le règlement 142/2011 fixe également des critères à respecter pour les denrées alimentaires destinées à l’alimentation animale.
Enfin, le règlement UE 2019/1793, qui identifie les produits alimentaires en provenance de pays tiers faisant l’objet d’une surveillance renforcée en raison d’un risque de contamination accrue, inclut le risque Salmonelle.
Des solutions analytiques fiables et rapides pour maîtriser le risque
La détection des salmonelles se fait par la mise en œuvre de méthodes de référence normalisées ou de méthodes alternatives validées. Plusieurs solutions sont possibles, et vont dépendre des besoins spécifiques à chaque situation.
- Méthodes culturales:
- La méthode normalisée ISO 6579-1 « Pré-enrichissement et enrichissement sélectif en milieu liquide » permet d’avoir une réponse, avec confirmation, dans un délai de 3 à 7 jours. Elle est parfois nécessaire dans certains cas d’export ou pour des matrices faiblement contaminées. Ses points forts sont sa sensibilité et sa spécificité. De plus, dans les cas de suspicion, la confirmation est rapidement obtenue grâce à la technologie MALDI-TOF disponible sur notre laboratoire de Nantes.
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- Les méthodes chromogéniques (IRIS, Rapid’Salmonella, Neogen, etc.) sont des méthodes alternatives validées par AFNOR Certification ou Microval. Leurs principaux avantages sont leur sensibilité, spécificité et coût, ce qui les rend bien adaptées aux volumes d’échantillons importants et réguliers. Les résultats sont obtenus dans un délai de 48 à 72 h.
- Les méthodes immunologiques (VIDAS, BACSpec, Solus, etc.) permettent de réaliser des analyses de manière automatisée et de s’affranchir de la lecture par un opérateur. Elles permettent d’avoir des résultats de détection dans un délai rapide de 48h à 51h. Mais la confirmation, qui nécessitera une étape de culture de la bactérie, sera plus longue.
- La méthode PCR BACGene permet d’avoir des résultats très rapides en détection (délai de 18h à 28h). Validée par AFNOR Certification (EGS 38/01-03/15), elle est particulièrement adaptée s’il y a besoin d’un résultat rapide d’absence, par exemple pour libérer un lot de production. Il existe des protocoles adaptés pour les poudres infantiles avec et sans probiotiques, ainsi que pour les gros grammages. Toutefois, en cas de suspicion, le délai de confirmation est de 48 à 72h car il nécessite aussi une étape de culture bactérienne.
Pour toutes les méthodes, en cas de détection confirmée de salmonelles, une étape complémentaire de caractérisation de la souche peut être mise en œuvre. La première étape est constituée par la détermination du sérotypage selon la norme ISO 6579-3. Il est également possible de réaliser le séquençage complet du génome (NGS-WGS) de la souche pour prédire ses caractères phénotypiques (sous espèces, sérotype, virulence…) et surtout pour observer le degré de parenté avec des souches de Salmonella isolées antérieurement sur le site de production ou isolées simultanément à plusieurs étapes du procédé.
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou AgroAlimentaireFr@eurofins.com.
[1]Surveillance des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC). Données de la déclaration obligatoire, 2019 (2021). Santé Publique France. Available at: https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/327767/2957326.
[2] European Food Safety Authority. (2014). – Les zoonoses expliquées par l’EFSA : Salmonella. Publications Office, LU. Available at: https://data.europa.eu/doi/10.2805/61454.
[3] European Commission. Directorate General for Health and Food Safety. (2021). – RASFF annual report 2020. Publications Office, LU. Available at: https://data.europa.eu/doi/10.2875/259374 (accessed on 5 October 2021).
[4] EURL Single Residue Methods (2020). – Analysis of Ethylene Oxide and its Metabolite 2-Chloroethanol by the QuOil or the QuEChERS Method and GC-MS/MS - Version 1.1. Available at: https://www.eurl-pesticides.eu/library/docs/srm/EurlSrm_Observation_EO_V1.pdf.
