Salmonella : comprendre finement et traquer efficacement l'origine d'une contamination
Les autocontrôles de l’environnement de production, des matières premières, produits intermédiaires ou encore des produits finis, peuvent parfois confirmer la présence de Salmonella. Cette contamination peut évidemment être ponctuelle ou persistante, très localisée ou bien largement dispersée dans les outils de production. Etablir très finement une cartographie spatiale et temporelle de diffusion des souches de Salmonella permet d’identifier précisément la source (matières premières, déchets, etc.) et les éventuels flux de contamination (produits, équipements, personnels, etc.).
Selon la nature de la contamination, les actions de nettoyage et de désinfection pourront être très ciblées et donc efficaces, les traitements d’assainissement des aliments optimisés, les sources d’approvisionnements des matières premières mieux sélectionnées, etc.
Rappel du risque Salmonella
En France c’est le premier agent pathogène confirmé dans les foyers de toxi-infections alimentaires collectives (responsable de 139 TIAC en 2019 soit 36% des TIAC à agent confirmé sur cette même année) [1]. La salmonellose se manifeste par des symptômes initiaux de gastro-entérite, parfois accompagnés de fièvres entériques. Cela peut être grave pour les populations les plus fragiles : nourrissons, enfants en bas-âge, immunodéprimés. La détection du pathogène est donc essentielle pour assurer la bonne santé des consommateurs. Nous vous accompagnons dans cette démarche.
L'approche WGS - séquençage du génome complet : la garantie d’une distinction poussée des souches
Le sérotypage traditionnel selon le schéma de White Kaufmann le Minor permet de dresser une cartographie approximative lors d’un évènement de contamination. En s’appuyant uniquement sur les formulations antigéniques, cette approche de typage permet de classer la majorité des Salmonella détectées dans l’alimentation humaine dans seulement une dizaine de serovars différents (Dublin, Derby, Infantis, Typhimurim, Enteritidis, Livingston notamment) [2].
Cette caractérisation uniquement par la formulation antigénique cache en réalité une très grande diversité de souches de Salmonella au sein d'un même sérovar. Il n’est donc pas rare que deux souches de Salmonella regroupées sous le même sérovar soient très différentes d’un point de vue génétique. Ceci limite ainsi la compréhension précise du schéma de contamination. L’approche WGS (Whole Genome Sequencing), basée sur le génome complet de la bactérie, permet, elle, de distinguer finement cette diversité.
Avantages de notre solution
Pour augmenter très significativement la résolution de la cartographie, Eurofins vient de lancer le « NGS-WGS Tracking Salmonella ». Basée sur la dernière génération de séquenceur NGS, notre solution permet d’établir le lien absolu entre plusieurs autocontrôles Salmonella non-conformes.
La relation entre les isolats est estimée par le nombre de mutations génétiques ponctuelles (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) observées sur la totalité des génomes, c’est-à-dire par l’analyse de plus de cinq millions de paires de bases. Il devient ainsi possible d’introduire la notion de clones, de clusters, de lignées parmi les isolats des différents lieux de contamination.
Que ce soit dans une démarche proactive, avec l’analyse systématique des autocontrôles non-conformes, ou bien ponctuellement en cas de crise lors d’une contamination d’un lot de produits finis, les laboratoires experts de microbiologie d’Eurofins France vous proposent le NGS-WGS Tracking Salmonella, une méthode à la pointe de la technologie offrant un :
- Séquençage et comparaison intégrale des génomes
- Restitution des résultats en 7 jours ou moins
- Gestion pérenne et sécurisée de l’historique
- Service réalisé entièrement dans les laboratoires Eurofins
- Rapport de synthèse complet, clair et explicatif
Une équipe mixte d’experts en microbiologie, en biologie moléculaire et en génétique est à vos côtés pour vous accompagner de l’échantillonnage à l’interprétation des résultats.
Par ailleurs, il est possible de conserver les souches dans notre BioBanque à -80°C (plus d’information ici sur cette prestation).
Romain CHAUVET, chef de projets R&D en microbiologie des aliments, a présenté cette solution NGS-WGS Tracking Salmonella lors d’un webinar gratuit de 30 minutes le 13 mai dernier. N’hésitez pas à demander le replay auprès de eventsFr@eurofins.com.
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou AgroalimentaireFR@eurofins.com.
Références
[1] Santé Publique France. (2021). SURVEILLANCE DES TOXI-INFECTIONS ALIMENTAIRES COLLECTIVES (TIAC). DONNÉES DE LA DÉCLARATION OBLIGATOIRE, 2019. https://www.santepubliquefrance.fr/content/download/327767/2957326
[2] Anses. (2021). Le réseau Salmonella, un dispositif de surveillance des salmonelles de la fourche à la fourchette : bilan des données de sérotypage 2019. https://be.anses.fr/sites/default/files/SSA-004_2022-02-09_Salmonella_Noel_MaqF.pdf
