Comment protéger vos consommateurs en maîtrisant le risque E. Coli STEC ?
Escherichia coli (E. coli) est une bactérie normalement présente dans le microbiote intestinal de l’Homme et des animaux à sang chaud. Toutefois, certaines souches disposent de facteurs de virulence qui les rendent pathogènes, particulièrement pour les enfants en bas âge et les personnes âgées. Chaque année plusieurs cas de Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIAC) liées à des E. coli STEC (ShigaToxin-producing E. Coli) sont recensés en France. En 2022, 24 foyers de TIAC sont liés aux STEC (sur 3 184 foyers de TIAC - soit 0.75% des cas) [1]. Cela peut paraître peu au global, mais leurs impacts tant sanitaires que médiatiques (notamment 56 cas humains suite à la consommation de pizzas surgelées et de nombreux cas sur les fromages au lait cru consommés par de jeunes enfants) en font des bactéries qui méritent tout votre intérêt.
Si vos produits sont concernés par ce pathogène, lisez attentivement cet article pour mieux en comprendre certaines problématiques, avoir une vue sur les voies analytiques pour les mettre en évidence dans les meilleures conditions et surtout être en conformité avec la réglementation française et européenne.
Une contamination par les produits crus ou insuffisamment cuits
La principale voie de transmission des E. coli STEC est la voie alimentaire.
Les principaux aliments mis en cause lors d’épidémies d’infections ont déjà été décrits dans notre article du mois de juin 2022 que nous vous proposons de consulter par le lien ci-dessous.
E. coli : un risque à maîtriser grâce à des méthodes d’analyse fiables et adaptées
Mais les sources de contamination ne se limitent plus à ces seuls aliments. Elles incluent également les farines utilisées pour la fabrication de produits qui ne seront pas suffisamment assainis avant consommation. Par conséquent, l’ANSES recommande que d’autres filières alimentaires animales ou végétales mettent en place une surveillance microbiologique de E. Coli STEC via des autocontrôles. [3]
Des recommandations liées aux auto-contrôles existent déjà pour les viandes hachées à travers l’IT DGAL 2016/353 [5] et divers avis de l’ANSES. Pour la filière des fromages au lait cru un document d’aide méthodologique « Surveiller STEC HP en filière de fabrication de fromages au lait cru » a été publié en 2022 [6]. Pour les graines germées le Règlement CE n°2073/2005 précise déjà des exigences.
Qu’est-ce que les STEC et quels impacts pour la santé ?
Toute souche d’E. coli possédant le gène stx (codant pour les shigatoxines - responsables de dommages au niveau des reins, du côlon, du système nerveux et cérébral) est appelé E. coli STEC (ou VTEC = Verotoxin Toxin-producing E. Coli). Les souches de STEC dont la virulence et la pathogénicité chez l’homme entraînent des cas cliniques, sont appelées EHEC (Entéro Hémorragiques Escherichia Coli).
Les impacts pour la santé varient d’une diarrhée aqueuse aiguë à une rectocolite hémorragique pouvant se compliquer en microangiopathies thrombotiques (MAT), dont le Syndrôme Hémolytique et Urémique (SHU) principalement chez les jeunes enfants et les personnes âgées et/ou immunodéprimées. Les adultes sont quant à eux principalement impactés par des complications appelées purpura thrombotique thrombocytopénique (PTT). Les syndromes des complications sont des pathologies graves engageant le pronostic vital chez l’être humain.
Même si plus de 400 sérotypes de STEC ont été isolés de cas humains, seule une minorité est responsable de la plupart des cas d’infection.
Les EHEC dits « typiques » disposent en complément du gène stx, le gène eae codant pour l’intimine, responsable, entre autres, de la colonisation et de l’adhésion des souches à la muqueuse intestinale.
Les avancées scientifiques [2] de ces dernières années apportent de nouvelles pistes de réflexion sur le phénomène de virulence de ces souches. Elles mettent notamment en évidence que les souches disposant des gènes stx2, plus précisément 2a et 2d, et le gène eae sont les plus souvent impliquées dans les cas avec complication (84% des cas de SHU) et ceci indépendamment du sérotype. La prise en compte des souches disposant de ces gènes est une recommandation de l’ANSES pour redéfinir les E. coli STEC Hautement pathogènes, que les services officiels devront entériner ou non en tenant compte aussi des approches européennes (BIORISK). [2].
Si c’est le cas, les évolutions analytiques devront alors suivre pour permettre aux fournisseurs de méthodes de cibler spécifiquement ces 2 gènes.
Des approches européennes de gestion du risque très hétérogènes
Malgré tous les travaux scientifiques en cours, il n’existe pas d’approche harmonisée européenne pour l’évaluation de la pathogénicité des STEC.
Pour de nombreux pays de l’Union Européenne (Irlande, Italie, Pays-Bas, Roumanie, etc.), les opérations de retrait / rappel sont basées a minima sur la présence d’une souche d’Escherichia coli disposant du seul gène stx1 et/ou stx2 pour les produits PAM (Prêts A Manger).
D’autres (Suède, Belgique, etc.) considèrent qu’il faut la présence d’une souche d’Escherichia coli disposant à la fois du gène stx1 et/ou stx2 mais aussi du gène eae.
Les plus « exigeants » tels que l’Allemagne considèrent que la seule détection du gène stx dans les bouillons pour analyses est rédhibitoire.
La France a actuellement une position moins stricte [4], ce qui peut créer des difficultés lorsque nous voulons vendre nos produits au sein de l’UE. En effet elle prend en compte, pour les opérations de retrait / rappel, les souches EHEC dites « typiques » (E. coli avec stx1 et/ou stx2 ET eae) mais uniquement associées à certains sérotypes (O26:H11, O103:H2, O111:H8, O145:H28 et O157:H7 usuellement appelés TOP5). Dans ces cas, nous parlons de souches Escherichia coli hautement pathogènes.
Au fil des années et des cas cliniques observés, de nouvelles exigences sont apparues. Nous pouvons citer plus spécifiquement l’ajout du sérotype O104:H4 en 2013 pour les germes (seule denrée alimentaire réglementée au niveau du Règlement CE n°2073/2005 !), et très récemment l’ajout du sérotype O80:H2 [4]. Pour ce dernier, il est précisé par la DGAL « qu’il n’est pas attendu que les professionnels révisent leurs plans d’autocontrôles au regard de cette évolution ». En revanche, ils doivent mettre à jour leur documentation afin de générer le cas échéant une alerte en cas de présence de ce sérotype sur les matrices alimentaires concernées. En effet, à l’heure du présent article, il n’y a sur le territoire français que le Laboratoire National de Référence (LNR) qui dispose d’une méthode reconnue.
Des solutions analytiques fiables et adaptées pour maîtriser le risque E. Coli STEC
Plusieurs solutions existent pour la détection d’E. Coli STEC. Leur choix va dépendre des besoins spécifiques à chaque situation et surtout de la destination de vos produits (France ou Hors France). Pour le territoire français nous mettons en place sur plusieurs de nos laboratoires la méthode certifiée AFNOR TRA 02/13-04/22 qui répond parfaitement à la définition française actuelle des E. coli STEC Hautement pathogène et qui permet de réduire les cas de suspicion non confirmée. Pour les ventes hors France, les méthodes à mettre en œuvre vont dépendre de nos laboratoires. Contactez-nous si vous êtes concernés !
Les laboratoires de microbiologie des aliments Eurofins proposent une gamme d’analyses ainsi que des prestations de conseil (optimisation des plans de contrôle, accompagnement en gestion de crise). Les objectifs sont la maîtrise de la sécurité des aliments pour les consommateurs et le respect des réglementations et des normes de qualité.
Le 12 mars, Alicia FAURE-BONDAT et Didier FROMENTIER, spécialistes en microbiologie des aliments, ont justement animé un webinar pointu de 30 minutes sur la maîtrise de ce risque E. Coli. Si vous êtes intéressé(e) pour visionner le replay, demandez-le auprès d’EventsFr@eurofins.com
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou AgroalimentaireFR@eurofins.com
Sources :
[1] Surveillance des toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) – Données de la déclaration obligatoire, 2022 – Bulletin Santé Publique France – Date de publication : 21 février 2024
[2] Infections alimentaires à E. coli : comment protéger davantage de consommateurs ? 2023. Anses - Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail. URL: https://www.anses.fr/fr/content/e-coli-shigatoxines
[3] Instruction technique DGAL/SDSSA/2016-353 du 10/05/2016. Objet : Production de viandes hachées et préparations de viande dans les établissements agréés ou dérogatoires à l’agrément. URL : https://info.agriculture.gouv.fr/gedei/site/bo-agri/instruction-2016-353
[4] : Document d’aide méthodologique « Surveiller STEC HP en filière de fabrication de fromages au lait cru ». URL : https://www.plateforme-sca.fr/le-dam-stec
[5] Anses - Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail.
URL : https://www.anses.fr/fr/system/files/BIORISK2020SA0095.pdf
[6] Instruction technique DGAL/MUS/2024-81 du 15/02/2024. Objet : Révision du critère de sécurité non réglementaire relatif aux souches Escherichia coli hautement pathogènes (annexes X et XIII) du Guide d’aide à la gestion des alertes d'origine alimentaire à l’usage des exploitants du secteur alimentaire et de l’administration. URL : https://info.agriculture.gouv.fr/gedei/site/bo-agri/instruction-2024-81
