Identification des espèces animales et végétales déclarées : nos solutions d’analyses
Les produits végétaux ont des valeurs marchandes pouvant varier jusqu'à plusieurs milliers d'euros au kilo selon les espèces (poivre noir, safran, truffe, ...). De ce fait, il existe des risques de fraudes pouvant impacter l'image de votre marque et entraîner une perte de confiance des consommateurs. D'autre part, des scandales comme celui de 2013 avec la présence de viande de cheval dans les produits à base de bœuf confirment la nécessité d'identifier de façon fiable les espèces présentes dans les produits élaborés. Ces analyses ont une valeur libératoire pour les industriels. Il en va de la confiance dans la chaine d'approvisionnement ainsi que de la garantie de la conformité réglementaire.
Identification ciblée de 22 espèces animales par PCR
Suite à l’arrêt de production des consommables de type puce à ADN viande proposée par un seul et unique fabricant dans le monde, nous avons fait évoluer notre méthode d’analyse vers la PCR en temps réel (RT-PCR).
Cette méthode d'analyse permet de couvrir 22 espèces animales :
| # | Espèce | Description |
|---|---|---|
| 1 | Equus caballus, Equus asinus | Cheval, âne |
| 2 | Bos taurus | Boeuf, vache |
| 3 | Gallus gallus domesticus | Poulet |
| 4 | Capra hircus | Chêvre |
| 5 | Sus scrofa | Porc |
| 6 | Bison bison | Bison |
| 7 | Bubalus bubalis | Buffle |
| 8 | Meleagris gallopavo | Dinde |
| 9 | Ovis aries | Mouton |
| 10 | Oryctolagus cuniculus | Lapin |
| 11 | Cairina moschata | Canard musqué |
| 12 | Anas platyrhyncos | Canard colvert |
| 13 | Cervus elaphus | Cerf |
| 14 | Dama dama | Daim |
| 15 | Capreolus capreolus | Chevreuil |
| 16 | Rangifer tarandus | Renne |
| 17 | Lepus europaeus | Lièvre |
| 18 | Canis lupus sp. | Chien |
| 19 | Felis silvestris sp. | Chat |
| 20 | Struthio camelus | Autruche |
| 21 | Anser sp. | Oie |
| 22 | Phasianus sp. | Faisan |
La PCR en temps réel (RT-PCR) est une méthode spécifique permettant de vérifier l’absence ou la présence d’une espèce ciblée. Cette méthode a pour but d’amplifier une séquence spécifique à une espèce afin de savoir si cette espèce est présente ou non dans l’échantillon analysé.
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"Identification des espèces animales ou végétales : nos solutions d'analyses", animé par Léna Le Corgne, experte analytique du laboratoire Eurofins Biologie Moléculaire France
Identification d'espèces en mélange ou inconnues
Pour couvrir tous vos besoins d’identification d’espèces, il existe deux autres méthodes d’analyses au sein du réseau de laboratoires Eurofins :
- Le séquençage SANGER qui permet d'identifier une à deux espèces,
- La méthode Next-Generation Sequencing (NGS) qui permet d'identifier toutes les espèces présentes dans l’échantillon.
Le saviez-vous ?Plus un produit est transformé, plus la quantité et la qualité de l’ADN présent dans l’échantillon diminue. Sur les produits transformés, il est donc possible de ne pas réussir à identifier les espèces en présence en raison de la dégradation de l’ADN au cours des processus de transformation. Par exemple, il sera quasi-impossible de déterminer l’(les) espèce(s) végétale(s) des graines dont l’huile a été extraite, car l’ADN est séparé de la fraction lipidique lors du pressage des graines. Cela impose de passer par d’autres techniques d’analyses comme des techniques chromatographiques. |
L’identification d’espèce par séquençage Sanger pour identifier une espèce à l'aveugle
Le but de cette méthode est d’identifier une espèce à l’aveugle. Pour cela, après amplification de la séquence cible par PCR et séquençage, la séquence obtenue est comparée avec celles présentes dans les bases de données internationales pour trouver celle qui est identique à celle de l'échantillon.
Cette méthode est adaptée aux morceaux et pièces de plantes, de poisson et de viande. Elle est à privilégier sur les produits mono-espèce, mais elle peut identifier une seconde si celle-ci est présente à plus de 10%.
Attention, au-delà de deux espèces présentes dans l’échantillon, le résultat peut être non interprétable. Donc pour des échantillons contenants deux espèces ou plus, il est recommandé de passer en autre par la méthode NGS.
NGS : une technique innovante pour détecter toutes les espèces présentes
Il s’agit d’identifier un mélange d’espèces à l’aveugle dans un échantillon supposé pur grâce au Séquençage Nouvelle Génération (NGS). Il est possible d’appliquer cette méthode sur des matrices à base de poissons, de plantes, de micro-organismes, de vertébrés terrestres et de champignons !
Le saviez-vous ?Les champignons contiennent des ADNases. Ces enzymes dégradent l’ADN de l’échantillon si leur activité n’est pas stoppée comme par exemple par la congélation ou la déshydratation. En fonction du processus de transformation subit par les échantillons, il arrive parfois qu’aucun résultat d’amplification ne soit obtenu et donc qu’il soit impossible d’identifier les espèces présentes. |
Les étapes du NGS sont les suivantes [1] :
Elle présente plusieurs avantages :
- Identification d’un mélange d’espèces sans avoir besoin de connaître les espèces au préalable,
- Prix en baisse,
- Meilleur délai de rendu de résultat d’analyses,
- Analyse la plus « puissante » en termes d’identification d'espèces.
Il est important de noter qu’en fonction de la qualité de l’ADN présent dans les échantillons, les résultats ne seront parfois pas rendus au niveau de l’espèce mais au rang taxonomique supérieur comme le genre ou la famille.
En résumé, voici le tableau comparatif des trois méthodes présentées ci-dessus :
| PCR en temps réel (qualitatif) | PCR en temps réel (quantitatif) | Séquençage Sanger | NGS | |
|---|---|---|---|---|
| Recherche d'un grand nombre d'espèces | ✓ | ✓ | ||
| Quantification d'espèces connues | ✓ | |||
| Vérification de l'absence d'une espèce connue | ✓ | (✓) | ||
| Recherche d'une espèce à l'aveugle | ✓ | (✓) | ||
| Recherche de plusieurs espèces à l'aveugle | ✓ |
(✓) La méthode NGS peut répondre au besoin mais n'est pas la technique à privilégier d'un point de vue coût et délai d'analyses si on se limite à ce besoin.
Un portefeuille d’analyses de pointe pour un contrôle efficace de vos produits
Eurofins Biologie Moléculaire France est spécialisé dans :
- Les tests d'OGM sur tout type de matrice : du produit brut (semences, grains) aux produits transformés (aliments pour animaux et alimentation humaine),
- Les tests allergènes,
- L’identification animale,
- L’identification variétale
- et le génotypage.
Notre laboratoire basé à Nantes met régulièrement à jour son portefeuille de tests pour se conformer à la situation réglementaire actuelle. Il est accrédité* depuis 2003 et en portée flexible depuis 2011.
Nos experts sont à votre disposition pour répondre à vos questions sur les stratégies d'analyses recommandées pour vos produits.
Pour plus d’information, contactez votre interlocuteur Eurofins habituel ou BioMolNantes@EurofinsFR.com
*Accréditation COFRAC Essais - portée n°1-6730 disponible sur www.cofrac.fr
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