Génotypage végétal
Les outils moléculaires sont de plus en plus utilisés par les professionnels dans le cadre du contrôle qualité ou de la sélection assistée par marqueurs. Sans remplacer l’expérimentation au champ, ils permettent de gagner un temps précieux dans la création variétale en facilitant le tri des descendants.
Quelles sont les solutions analytiques
de génotypage végétale ?
Le réseau de laboratoires Eurofins est leader en prestation de services de Marquage Moléculaire. Il met ces marqueurs au service de la filière semences pour de nombreuses applications telles que :
- l’élaboration d’empreintes génétiques pour les espèces de grande culture et les espèces potagères : caractérisation et identification variétale, constitution de bases de données, contrôle qualité ;
- le suivi d’hybridité : choix de lignées parentales divergentes, détection des autofécondations et des hors-types (pollution génétique) ;
- la Sélection Assistée par Marqueurs (SAM).
L'expertise analytique
De nombreux marqueurs moléculaires existent et sont choisis en fonction de leurs caractéristiques, du matériel à analyser et des applications potentielles :
- les marqueurs microsatellites ou SSR (Single-Sequence Repeat) qui sont fréquents dans les régions non-codantes du génome, et présentent un motif d’ADN répété de type (CA)n. Ce sont des marqueurs co-dominants et très polymorphes nécessitant un effort de développement pour chaque espèce végétale. Actuellement, plus de 1000 marqueurs microsatellites sont disponibles au laboratoire pour une quarantaine d’espèces.
- Les marqueurs SNP (Single Nucleotide Polymorphism) qui correspondent à des différences d’une seule base. Ils nécessitent un effort de développement, mais sont très nombreux dans le génome de toutes les espèces et sont hautement automatisables.
- les marqueurs AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) qui sont obtenus par restriction enzymatique de l’ADN total et amplification sélective de certains fragments. Ils sont très polymorphes et permettent de travailler sur tout matériel végétal sans connaissance préalable du génome.
Ce pôle expert propose également l’utilisation d’autres marqueurs tels que les RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism), indels (insertions/délétions) ou rétrotransposons pour la gestion de projets « à façon ».
