Comprendre et traquer l'origine d'une contamination par Salmonella

Salmonella, Listeria, Cronobacter : pathogènes responsables de TIAC

La menace d’une contamination alimentaire par des agents pathogènes exige une vigilance constante. Des bactéries pathogènes telles  Listeria, Salmonella ou Cronobacter ou Campylobacter  peuvent avoir de graves conséquences pour les consommateurs et donc les entreprises impliquées dans la fabrication des aliments.

Chez les nourrissons, les enfants en bas-âge ainsi que chez les personnes au système immunitaire affaibli, ces toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) peuvent devenir très graves, voire mortelles. L'enjeu de sa détection pour la santé des consommateurs est alors primordial, et nous vous accompagnons dans cette démarche.

L'enjeu de comprendre et d'expliquer la contamination ^[1]

Les  autocontrôles de l’environnement de production, des matières premières, produits intermédiaires ou encore des produits finis, peuvent parfois confirmer la présence de pathogène comme Salmonella, Listeria ou Cronobacter. Cette contamination peut évidemment être ponctuelle ou persistante, très localisée ou bien largement dispersée dans les outils de production.

Etablir très finement une cartographie spatiale et temporelle de diffusion des souches de la bactérie pathogène permet d’identifier précisément la source et les flux de contamination de la matière première au produit fini, via les différentes opérations unitaires de transformation et leurs environnements. Selon la nature de la contamination, les actions de nettoyage et de désinfection pourront être très ciblées et donc efficaces, les traitements d’assainissement des aliments amplifiées, les sources d’approvisionnements des matières premières mieux sélectionnées, etc.

Le séquençage de génome complet WGS (Whole Genome Sequencing)

Le sérotypage traditionnel selon le schéma de White Kaufmann le Minor permet de dresser une cartographie approximative lors d’un évènement de contamination. En s’appuyant uniquement sur les formulations antigéniques, pour l'exemple des Salmonella, cette approche de typage ne permet de classer la majorité des bactéries détectée dans l’alimentation humaine que dans moins d’une dizaine de serovars différents (Dublin, Derby, Infantis, Typhimurim, Enteritidis et Livingston) ^[2]. Cette caractérisation uniquement par la formulation antigénique cache en réalité une très grande diversité de souches de Salmonella au sein d'un même sérovar. Il n’est donc pas rare que deux souches de Salmonella regroupées sous le même sérovars soient très différentes d’un point de vue génétique, ceci limitant ainsi la compréhension précise du schéma de contamination.

Pour augmenter très significativement la résolution de la cartographie, Eurofins vous propose sa solution métagénomique « NGS-WGS ». Basée sur la dernière génération de séquenceur NGS, notre solution permet d’établir la connexité absolue entre plusieurs autocontrôles non-conformes pour Salmonella, Listeria ou Cronobacter. La relation entre les isolats est estimée par le nombre de mutations génétiques ponctuelles (Single Nucleotide Polymorphism - SNP) observées sur la totalité des génomes, c’est-à-dire par l’analyse de plus de cinq millions de paires de bases. Il devient ainsi possible d’introduire la notion de clones, de clusters, de lignées ou encore d’orphelins parmi les isolats soumis à l’étude.

Que ce soit dans une démarche proactive, avec l’analyse systématique des autocontrôles non-conformes ou bien ponctuellement en cas de crise lors d’une contamination d’un lot de produits finis, les laboratoires experts de microbiologie d’Eurofins France vous proposent la métagénomique NGS-WGS tracking, une méthode à la pointe de la technologie offrant un :

• Séquençage et comparaison intégrale des génomes
• Restitution des résultat en 7 jours ou moins
• Gestion pérenne et sécurisée de l’historique
• Service réalisé entièrement dans les laboratoires Eurofins
• Rapport de synthèse complet, clair et explicatif

Une équipe mixte d’experts en microbiologie, en biologie moléculaire et en génétique sera à vos côtés pour vous accompagner de l’échantillonnage à l’interprétation des résultats.

Les + de notre réseau Eurofins

• Conseil et expertise de nos spécialistes en microbiologie des aliments pour un accompagnement personnalisé
• Réalisation de Challenge test pour déterminer si un produit est susceptible de permettre ou non le développement d’une bactérie pathogène (cliquez ici pour en savoir plus)
• Conservation possible des souches en BioBanque à -80°C (cliquez ici pour en savoir plus)